PCR 全称聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction），指利用 Taq 和/或 Pfu 核酸酶惊醒的体外特异性扩增某特定核算序列

Rt-PCR 一般指反转录 PCR （Reverse Transcription PCR）其实就是将 PCR 与反转录结合，这样就可以获得多克隆的某一特异的 RNA 片段（通常是 mRNA）。首先将提取的 RNA 逆转录为 cDNA ，之后与常规 PCR 一致。引物与常规 PCR 没有太大不同（序列特异性引物或随机引物）有时候会用 mRNA 的特异性引物 Oligo dT （针对 mRNA 的标志性 poly - A 尾）。通常Rt-PCR 是为了分析细胞中蛋白质表达情况，会以细胞中自然表达的 beta-actin 作为内参分析蛋白质表达情况（beta-actin 认为是管家基因，在同种细胞中表达恒定）

qPCR 指荧光实时定量 PCR （Quantitative real-time PCR），有时也会被称作实时/定量 PCR （Rt-PCR）。qPCR 使用一种特殊的探针—— Taqman 探针，其结构为一个 RNA 探针，两端分别加上一个发光基团 R 和一个吸光基团 Q 。而且 qPCR 不使用 Taq 聚合酶，因为 Taq 缺乏其他 DNA 聚合酶拥有的 5' - 3' 外切酶结构域及其即时矫正机制。

简单说，就是 rt 和 q 都是常规 PCR 的变种。

此时 R 与 Q 同在探针上，距离较近，R 产生的荧光被 Q 吸收，所以不显出荧光；当互补链 DNA 合成时，DNA 聚合酶向下游移动，其 5' - 3' 外切酶结构域就会切割探针，依次释放出 R 和 Q。自由的 R 与 Q 距离较远，互相之间没有互作，所以不会影响 R 的荧光。

定义新参数 Ct 值（Cycle threshold，循环阈值）：每个反应管内的荧光信号到达设定阈值时所经历的循环数。阈值通常设定为 3-15 个循环的荧光信号的标准偏差的 10 倍（为什么这么设定？可能只是约定俗成吧……我不了解）。Ct 值由实验获得。

每个模板的 Ct 值与该模板的起始浓度的对数存在相关性（具体推导过程我忘了……），即：

n 为扩增反应进行的轮数，X 为初始模板量，Ex 为扩增效率（通常不考虑，作为常数看待），N 为荧光扩增信号达到阈值强度时扩增产物的量。

显然 X 的对数值与 Ct 值为负相关。利用已知 X 的标准品可作出标准曲线（有效地避免了对 Ex 的讨论），以 lgX 为横坐标，Ct 为纵坐标。因此，只要获得未知样品的Ct值，即可从标准曲线上计算出该样品的起始拷贝数。

注：qPCR 还有一种 SYBRGreenⅠ法，但是本人比较熟悉 Taqman 法，所以就懒得讲另外一个了，而且 SYBRGreenⅠ法感觉也比较简单易懂，如果题主还有疑问我再写吧……

再注：不同的 PCR 方法是可以搭配使用的，qPCR + rtPCR 通常称为 rt-qPCR，以避免与 qPCR 全称混淆。