获得高质量的RNA是进行很多分子实验（RT-qPCR，二代测序转录组分析，芯片分析，数字PCR，northem分析及cDNA文库构建等）的第一步，往往也是最关键的一步，下面针对常见的四种分离方式做一个简单的对比分析。 

第一种：有机试剂萃取法

有机试剂萃取法被认为是RNA制备中的金标准。在纯化过程中，样品在含有C6H5OH的溶液中进行了均质化，然后加入CHCl3，充分混合后静置片刻然后离心。在离心过程中，样品会分为三层：下部的有机相，中层含有变性蛋白质及gDNA，而上层水相则含有RNA。然后将上层水相分离出来并先后通过异丙醇，乙醇沉淀及再溶解来获得RNA。

有机试剂萃取法优点：

1、可以快读变性核酸酶并稳定RNA；

2、成本低；

有机试剂萃取法缺点：

1、有机试剂氯化物的使用及产生的废弃物；

2、费力的手动处理流程；

3、难以自动化操作。

第二种：离心柱法

基于滤膜的离心柱法使用了底部安置有膜（通常为玻璃纤维，硅衍生物或者离子交换膜）的离心柱。使用含Rnase抑制剂（通常为胍盐）的缓冲液来裂解样品，然后利用离心力使裂解物通过膜来让核酸结合在膜上，随后使用清洗缓冲液来清洗膜然后丢弃缓冲液。接下来使用恰当的洗脱缓冲液通过离心的方式将样品洗脱下来并收集到管中。 

离心柱法优点：

1、方便，容易使用；

2、可进行单一样品和96孔板样品处理；

3、可以自动化操作；

4、可以制造多种规格的膜。

离心柱法缺点：

1、易被微粒物阻塞；

2、大分子核酸如gDNA的残留；

3、制造规格决定了结合能力；

4、自动化处理时，需要复杂的真空抽提系统或离心系统。

第三种：磁珠法

磁珠法所采用的小颗粒（0.5~1 µm)具有一个顺磁的核心，其外壳经过修饰可以和特定目标分子结合。磁珠在磁场中时会随着磁场而移动，但在移除磁场后几乎不保留磁力。这使得这些磁珠基于它们表面的修饰可以与感兴趣的分子相互作用，然后通过外源磁场快速地对它们进行收集，之后移除磁场并对磁珠进行重悬。对样品首先使用含Rnase抑制剂的溶液进行裂解，然后与磁珠结合。再通过施加磁场将磁珠及其上结合的分子一起收集起来。通过数轮的释放，重悬于清洗溶液中，然后重新捕获的过程，最终将RNA释放到洗脱溶液中并移除磁珠。 

磁珠法优点：

1、没有滤膜堵塞的风险；

2、基于溶液的结合动力学可以增强目标捕获的效率；

3、磁性形式使得可以进行样品的快速收集/浓缩；

4、更易在仪器平台处理；

5、可以自动化操作；

6、可用于表面修饰的化学基团丰富。

磁珠法缺点：

1、洗脱样品中可能残留磁珠颗粒

2、磁珠在粘性溶液中移动缓慢

3、手动操作时磁珠的捕获/释放操作很费力

第四种：直接裂解发

直接裂解法进行样品制备（非纯化）时采用的裂解缓冲液，可以破碎样品，稳定核酸，同时与下游应用相兼容。通常，样品与裂解试剂混合在一起，在特定条件下孵育一段时间，然后直接用于下游分析。如有必要，可以对稳定后的裂解五进行纯化而得到样品。通过免去与固体表面的结合及洗脱步骤，直接裂解法可以避免在其他纯化方法中可能会发生的偏差及对回收效率的影响。 

直接裂解法优点：

1、非常快速简单；

2、最有可能准确反应样品中的RNA真实情况；

3、可以很好地应用于非常小量的样品；

4、可以进行简单的自动化操作。

5、可扩展性

直接裂解法的缺点：

1、不能用于传统的分析方法，例如通过分光光度法测定产量；

2、明显的稀释作用（对于浓缩样品更有效）；

3、为了取得好的效果，往往需要根据下游应用进行优化；

4、若没有正确处理裂解物可能残留RNase活性。